[合集]今日话题——进化树分析          

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]今日话题——进化树分析
发信站: 北大未名站 (2003年05月20日14:27:20 星期二), 转信

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  今日话题——进化树分析                                                 
时间  北大未名站 (2003年05月19日11:15:54 星期一), 转信                       
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因为最近美国的一个实验室准备开始动手做genome的进化。也就是说，
他们也没有开始。呵呵，所以我们也有机会。发起这个话题的讨论，是
想明白一下的几个问题：
1.目前流行的作进化树的方法，有哪些？maximum likelihood是否popular?
还有其他的诸如pasimony, 邻接矩阵法等等，这个需要请大家介绍一
下。另外，各种方法的优劣，最好评价一下。还有，目前的进化相关
文章，是用那些方法的比较容易接收？
2. 流行软件。就是说，给你一把的序列，你怎么用软件来做之。不要
说看使用说明。因为很多人都是对此不大愿意深入，如果能直接用软
件来做，最好不过了。
3. 进化的理论，好象现在的已经是第四代（要不就是第三），一篇
nature讲过。不过我是看不大懂，请解释一下。
4. genome的进化分析，如何进行？
请大家考虑，并讨论。谢谢。

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作者  Rainbird (落汤鸟), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日11:22:16 星期一), 转信                       
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最大简约法用的人不多了吧 一般都是邻位相连
genome的多序列比较 sanger有个软件

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日11:31:55 星期一), 转信                       
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但是我看过一些maximum likelihood的文章，好像很popular，是么？
是否因为需要的计算量太大？所以用的人不多？因为有些作进化的国
外实验室，居然使用几百台计算机的cluster。好恐怖。
另外，问题是：genome的进化分析，有什么意义呢？要知道，一个
genome上的分子钟是不一样的，比如，exon的要长，intron就短，呵
呵，怎么看？

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作者  Rainbird (落汤鸟), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日11:42:05 星期一), 转信                       
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最大可能性法非常耗时 偶这里没敢做 要不今天就豁出去试一吧
不同的方法适合不同的符合具体要求的多序列这是肯定的
genome的进化树要是只基于核酸的多序列长程比较显然是不可取 尤其是真核生物编码区本
身就有很多所谓基因簇内部的倒位，比如abcd和adb'cb b'代表假基因
∠笳庵智榭龀こ瘫冉暇陀字闪司 在 lylover (石
之轩)

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作者  kokolu (祈祷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日12:18:13 星期一), 转信                       
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genome的进化，郝柏林先生好像做过

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作者  flyelephant (flyelephant), 信区: Bioinformatics                        
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日13:23:07 星期一) , 站内信件                  
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好象发paper一般都是ML,MP,NJ都用，如果三个方法给出的结果是一致的，那可信度就很高，
但是如果不一致，就不好说了，三种方法各有各的最基本的假设，但是这些最基本的假设不
一定适用于所有序列，所以三种方法会给出不同结果。

个人认为进化树分析对于实验没什么实质帮助。

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日16:50:52 星期一), 转信                       
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嗯，不过问题好像没有解决吧？因为我的一个在UCLA的师哥马上要动
手，也就是说，现在还没有开始。所以，想在这里讨论一下，看看能
不能做一做。另外，郝先生，也请不到他来给我们这些虾米讲课吧？
呵呵，说笑了

genome的进化，郝柏林先生好像做过

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日16:54:06 星期一), 转信                       
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嗯，很不错。谢谢。我会考虑一下该怎么做这方面的工作了。不过，
对实验的指导，一时半会儿可能是没有什么用处，但是还是有意义的。
这个我想在后面的几个问题里提出。呵呵

好象发paper一般都是ML,MP,NJ都用，如果三个方法给出的结果是一致的，那可信度就很高
，
但是如果不一致，就不好说了，三种方法各有各的最基本的假设，但是这些最基本的假设
不
一定适用于所有序列，所以三种方法会给出不同结果。

个人认为进化树分析对于实验没什么实质帮助。

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日21:00:02 星期一), 转信                       
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1、基本上MP，NJ，ML之间的主要差别，在于它们的进化模型不同。
相对而言，现在大家更认可ML的进化模型。

2、除此以外，ML本质上是DP，因而从理论上可以对一个优化问题给出
最优解——当然，这样的代价也比较高:)

3、至于说到genome的进化分析，实际上和分子钟是否相同并没有必然的
联系——不少genome的进化模型根本就不承认分子钟假设:)

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日21:24:39 星期一), 转信                       
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嗯，谢谢。我知道。分子钟在ML里就被淘汰掉了。做genome的进化，
一般来说，是不怎么需要分子钟的。
有几个问题，属于外行的问题：
1.DP是怎么回事？不是太理解。
2.做关于系统发育的工作，是否需要三树都做？如果三个树一致，可
靠性就好，不一致就差？
3.能否介绍一下，genome的进化分析？既然不需要分子钟的假设。
谢谢。

1、基本上MP，NJ，ML之间的主要差别，在于它们的进化模型不同。
相对而言，现在大家更认可ML的进化模型。

2、除此以外，ML本质上是DP，因而从理论上可以对一个优化问题给出
最优解——当然，这样的代价也比较高:)

3、至于说到genome的进化分析，实际上和分子钟是否相同并没有必然的
联系——不少genome的进化模型根本就不承认分子钟假设:)

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月19日22:56:40 星期一), 转信                       
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hehe，这个方面其实偶也只是才接触，随便说说，权当抛砖引玉……

1、DP = Dynamic Programming:)

2、这个其实很难说，而且从逻辑上也不一定站的住脚……
因为它们的进化模型有差异，所以从某种意义上来说，
三个结果太一样了反而未必好……

记得MIT有一个大哥就专门做不同方法之间的比较，大概是95年前后的事情

3、这个题目实在太大了点，偶窃以为还是请郝先生来讲才能说清楚……:)
下面只是个人的一点浅见，NO WARRANTY :)
其实所谓进化树又可以具体划分为Phylogram tree和Cladogram tree两类……
Cladogram tree只是考虑各个结点之间的拓扑关系，而不关心具体边的长度……
（换句话说，Cladogram tree只关心各个物种之间的先后顺序，却不考虑距离）
而Phylogram tree却即关心结构，也关心距离
基本上要build Cladogram tree相当于对不同结点之间进行排序
（不一定是全序，偏序也可以）
这个时候其实分子钟是否存在并不太重要……

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作者  kokolu (祈祷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月20日00:20:48 星期二), 转信                       
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偶ft
好像这里的人都喜欢用两个字母缩写
弄得我一头雾水

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作者  Rainbird (落汤鸟), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 今日话题——进化树分析                                             
时间  北大未名站 (2003年05月20日11:39:32 星期二), 转信                       
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有没有人根据基因型频率做过进化树呢