一个Motif Finding问题的定义：随机产生k个长度均为n的随机序列，在每个序列中随机挑选一个位置植入一个(l, d)-motif，该motif基于一个长为l允许有d个突变的模式P产生。Motif Finding问题要求在不知道模式P和植入位置的情况下找出这些植入的motif。
其他形式的Motif Finding问题的定义也都是找到motif所在的序列里的位置就算解决了这个问题，但是在研究Closest String（或Center String, Consensus String）时我发现可以用解决Closest String问题的方法还原Motif Finding问题中的模式P，请问这两个问题间是有这样的联系么？或者是像《Closest Strings, Primer Design,and Motif Search》中应用Closest String判断得到的motif是不是真的motif？还有更重要的一个问题，在解决生物问题时，单独应用Motif Finding找位点的问题有哪些？找到位点后再应用Closest String求最近串（即还原模式P）的问题又有哪些？

另外一个问题：Motif Finding问题中计算两个子序列之间的距离时，大部分的算法如PROJECTION都只考虑了替换突变，即计算海明距离，没有考虑插入和删除突变（移码突变），即不能计算编辑距离。请问有什么生物问题需要在做Motif Finding时考虑插入和删除突变计算编辑距离的么？

正在做毕业论文遇到这两个非常棘手的问题，因为生物方面知之甚少，所以束手无策，若能得到大家的帮助感激不尽！