新书推介:《语义网技术体系》
作者:瞿裕忠,胡伟,程龚
   XML论坛     W3CHINA.ORG讨论区     计算机科学论坛     SOAChina论坛     Blog     开放翻译计划     新浪微博  
 
  • 首页
  • 登录
  • 注册
  • 软件下载
  • 资料下载
  • 核心成员
  • 帮助
  •   Add to Google

    >> Biomatics, Gene Ontology(基因本体)
    [返回] 中文XML论坛 - 专业的XML技术讨论区计算机技术与应用『 生物信息学 』 → 请教棘手问题:关于生物信息中的Motif Finding和Closest String问题 查看新帖用户列表

      发表一个新主题  发表一个新投票  回复主题  (订阅本版) 您是本帖的第 17073 个阅读者浏览上一篇主题  刷新本主题   树形显示贴子 浏览下一篇主题
     * 贴子主题: 请教棘手问题:关于生物信息中的Motif Finding和Closest String问题 举报  打印  推荐  IE收藏夹 
       本主题类别:     
     cinda_wl 美女呀,离线,快来找我吧!
      
      
      等级:大一新生
      文章:0
      积分:53
      门派:XML.ORG.CN
      注册:2006/12/9

    姓名:(无权查看)
    城市:(无权查看)
    院校:(无权查看)
    给cinda_wl发送一个短消息 把cinda_wl加入好友 查看cinda_wl的个人资料 搜索cinda_wl在『 生物信息学 』 的所有贴子 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看cinda_wl的博客楼主
    发贴心情 请教棘手问题:关于生物信息中的Motif Finding和Closest String问题

    初来乍到请多关照~谢谢

    一个Motif Finding问题的定义:随机产生k个长度均为n的随机序列,在每个序列中随机挑选一个位置植入一个(l, d)-motif,该motif基于一个长为l允许有d个突变的模式P产生。Motif Finding问题要求在不知道模式P和植入位置的情况下找出这些植入的motif。
    其他形式的Motif Finding问题的定义也都是找到motif所在的序列里的位置就算解决了这个问题,但是在研究Closest String(或Center String, Consensus String)时我发现可以用解决Closest String问题的方法还原Motif Finding问题中的模式P,请问这两个问题间是有这样的联系么?或者是像《Closest Strings, Primer Design,and Motif Search》中应用Closest String判断得到的motif是不是真的motif?还有更重要的一个问题,在解决生物问题时,单独应用Motif Finding找位点的问题有哪些?找到位点后再应用Closest String求最近串(即还原模式P)的问题又有哪些?

    另外一个问题:Motif Finding问题中计算两个子序列之间的距离时,大部分的算法如PROJECTION都只考虑了替换突变,即计算海明距离,没有考虑插入和删除突变(移码突变),即不能计算编辑距离。请问有什么生物问题需要在做Motif Finding时考虑插入和删除突变计算编辑距离的么?

    正在做毕业论文遇到这两个非常棘手的问题,因为生物方面知之甚少,所以束手无策,若能得到大家的帮助感激不尽!


       收藏   分享  
    顶(0)
      




    点击查看用户来源及管理<br>发贴IP:*.*.*.* 2007/5/3 20:42:00
     
     ppchen 帅哥哟,离线,有人找我吗?
      
      
      等级:大一新生
      文章:2
      积分:63
      门派:IEEE.ORG.CN
      注册:2007/6/11

    姓名:(无权查看)
    城市:(无权查看)
    院校:(无权查看)
    给ppchen发送一个短消息 把ppchen加入好友 查看ppchen的个人资料 搜索ppchen在『 生物信息学 』 的所有贴子 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看ppchen的博客2
    发贴心情 
    好冷清哦!

    ----------------------------------------------
    独立之精神 自由之思想

    点击查看用户来源及管理<br>发贴IP:*.*.*.* 2007/6/11 20:52:00
     
     linda1984 美女呀,离线,快来找我吧!
      
      
      等级:大一新生
      文章:3
      积分:60
      门派:XML.ORG.CN
      注册:2009/9/4

    姓名:(无权查看)
    城市:(无权查看)
    院校:(无权查看)
    给linda1984发送一个短消息 把linda1984加入好友 查看linda1984的个人资料 搜索linda1984在『 生物信息学 』 的所有贴子 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看linda1984的博客3
    发贴心情 
    我也是个初学者,这些个复杂的问题还真是不明白!!
    点击查看用户来源及管理<br>发贴IP:*.*.*.* 2009/9/4 8:46:00
     
     zhyyjj_811 帅哥哟,离线,有人找我吗?
      
      
      等级:大一新生
      文章:5
      积分:71
      门派:XML.ORG.CN
      注册:2009/1/31

    姓名:(无权查看)
    城市:(无权查看)
    院校:(无权查看)
    给zhyyjj_811发送一个短消息 把zhyyjj_811加入好友 查看zhyyjj_811的个人资料 搜索zhyyjj_811在『 生物信息学 』 的所有贴子 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看zhyyjj_811的博客4
    发贴心情 
    我希望你能够讲述的更具体一些,对于indel,我想要针对不同生物模型建立indel矩阵吧
    点击查看用户来源及管理<br>发贴IP:*.*.*.* 2009/9/20 19:35:00
     
     GoogleAdSense
      
      
      等级:大一新生
      文章:1
      积分:50
      门派:无门无派
      院校:未填写
      注册:2007-01-01
    给Google AdSense发送一个短消息 把Google AdSense加入好友 查看Google AdSense的个人资料 搜索Google AdSense在『 生物信息学 』 的所有贴子 访问Google AdSense的主页 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看Google AdSense的博客广告
    2024/5/1 13:23:32

    本主题贴数4,分页: [1]

    管理选项修改tag | 锁定 | 解锁 | 提升 | 删除 | 移动 | 固顶 | 总固顶 | 奖励 | 惩罚 | 发布公告
    W3C Contributing Supporter! W 3 C h i n a ( since 2003 ) 旗 下 站 点
    苏ICP备05006046号《全国人大常委会关于维护互联网安全的决定》《计算机信息网络国际联网安全保护管理办法》
    78.125ms